到家康另眼相看的甲贺忍者，但随着时代的安定他们失去了在战乱中讨生活的机会，“归农”以后的甲贺忍者不再是武士而是农民，不得不缴纳年贡。武士的体面再也没法维持下去了。甲贺忍者的生活陷入穷困，因而面对家康的一再劝诱无法拒绝，说无法拒绝不如说如同在渡口碰上了渡船一般，以在伏见筑城据守而牺牲的百余人的家人为中心，部分甲贺忍者决定迁居到江户。

    这些人以外的其他甲贺忍者几乎全部选择了住在甲贺解甲归田，但是当他们发现这是个错误的选择时，已经到了没有退路的境地。这个时候，忍者们想要成为武士前往江户的道路已经断绝了，结果，只能一再向幕府发出“穷途末路恳请救济”这样的叹愿书，每次获得微薄的慰劳金而已。

    但是这种申请救济的方法也不是永远行得通的。一旦幕府的财政状况变坏，就算叹愿，幕府也只是视而不见，因此无力感和反抗的想法在甲贺忍者心里萌芽了。

    在接近幕末的时候，以抛弃武士身份成为农人的甲贺忍者为先导，以天保义民（起义）而广为人知的大起义取得了成功，得到了幕府的承诺，成为“江户时代唯一的成功起义之例”。对江户幕府的不满，是这次起义成功的原动力。

    但是，就是在这样严苛的形势下，甲贺忍者仍然在整个江户时代继承甲贺忍术，并凭着这些技术谋生。在甲贺忍者发出生活穷困的叹愿书的同时，家康也在悄悄地从中斡旋让谱代大名采用甲贺忍者。至于具体有多少甲贺忍者得到了谱代大名的采用，这个问题并不清楚。现在得到确认的有被尾张德川家采用者六名，被岸和田藩采用者五十名。

    这两个例子都是被采用者留在甲贺原地供职，只有骨干责任者到名古屋或者岸和田居住。根据保留下来的尾张藩文书记载，他们表面上所任的是铁炮指导一职，过着每年一次前往藩城，在藩主面前表现自己的技术，领取酬金然后返回家乡的生活。但是，实际上他们担任的是忍者的任务，这件事即使是在藩内也只限于很少的几个人知道，这一做法的宗旨仅在特别的机密文件中有记载。

    岸和田藩的情况是，将五十名忍者编成铁炮队，姓名也有明确的记载。在大盐平八郎之乱中，没有正式出勤的忍者，接到了以藩的名义发出的原地待命的正式命令。

    这样坚持不懈地勤奋修行磨炼技艺的甲贺忍者们，存在于整个江户时代是确凿无疑的，但是在平稳的时代中，除幕府的密探之外对忍术的需求确实是减少了，这个任务也在第八代将军吉宗以后被移交到了纪州出身的御庭番②　手里，甲贺流忍术的存在价值逐渐淡薄。

    就是这样，曾经的甲贺武士们大多加入了天保义民，在幕末骚动中加入官军的也不在少数，与德川家的缘分由此切断，甲贺流忍术也迎来了自己的末日。