元培对《红楼梦》研究非常认真。《石头记索隐》一书，虽然不算太长，只有四万多字，但他却花费了很多时间和精力，是一部倾注心血的结晶。1917年9月上海商务印书馆出版单行本。是民国初年风行一时的一本“索隐”性质的红学著作。

    《石头记索隐》提出：《红楼梦》为“清康熙朝政治小说”，“本事在吊明之亡，揭清之失，而尤于汉族名士仕清者寓痛惜之意”。他把小说中的人物与情节同清朝的人物、事件一一比附，如以贾宝玉影射胤礽，林黛玉影射朱彝尊，薛宝钗影射高士奇，探春影射徐乾学，王熙凤影射余国柱，史湘云影射陈维崧，刘姥姥影射汤斌(潜庵)，等等。此外，他还将其索隐派研究上升到理论层面，总结出了一套索隐的方法，即他本人所说的“知其所寄托之人物，可用三法推求：一、品性相类者；二、轶事有征者；三、姓名相关者”⑦。经过这种索隐法梳理之后，正如蔡氏本人所言：“一切怡红快绿之文，春恨秋悲之迹，皆作二百年前之因话录、旧闻记读可也。”

    针对蔡元培《石头记索隐》的观点，1921年3月27日胡适写成《红楼梦考证》， 文章写成后，他还亲自送给蔡元培，听取意见。《红楼梦考证》批评蔡元培等人的“索隐红学” “走错了道路”，是“绝无道理的附会”，是猜“笨谜”，“完全是主观的，任意的，最靠不住的，最无益的”。胡适说：“蔡先生这部书的方法是：每举一人，必先举他的事实，然后引《红楼梦》中情节来配合。我这篇文里，篇幅有限，不能表示他的引书之多和用心之勤：这是我很抱歉的。但我总觉得蔡先生这么多的心力都是白白的浪费了，因为我总觉得他这部书到底还只是一种很牵强的附会。”⑧

    胡适发表《红楼梦考证》时，校长蔡元培正在国外考察教育。蔡元培将如何对待胡适的批评，是胡适和许多学人关注的事情。1921年9月，蔡元培回到北大，胡适将刊有《红楼梦考证》的亚东版《红楼梦》送了一部给蔡元培。蔡元培复信说：

    《考证》已读过。所考曹雪芹家世及高兰墅轶事等，甚佩。然于索引(隐)一派，概以“附会”二字抹煞之，弟尚未能赞同。弟以为此派之谨严者，必与先生所用之考证法并行不悖。稍缓当详写奉告。⑨

    1922年1月30日蔡元培写出《〈石头记索隐〉第六版自序——对于胡适之先生〈红楼梦考证〉之商榷》， 同样，蔡元培也将自己的文章送给胡适听取意见，在给胡适的信中写道：“承索《石头记索隐》第六版自序，奉上，请指正。”⑩

    （二）学者的风范

    蔡元培和胡适二人辩论内容本身存在着分歧，学术观点针锋相对，互不相让，我们姑且不论，仅就双方的态度和方式是在平等友善、随时沟通的气氛中进行，不失学者的风范，就令人钦佩不已。

    胡适在《答蔡孑民先生的商榷》一文中，曾引用亚里士多德的一段话来表明自己论辩时的态度和立场：

    讨论这个学说(指柏拉图的《名象论》)使我们感觉一种不愉快，因为主张这个学说的人是我们的朋友。但我们既是爱智慧的人，为维持真理起见，就是不得已把我们自己的主张推翻了，也是应该的。朋友和真理既然都是我们心爱的东西，我们就不得不爱真理过于爱朋友了。