义农民奉为总大将受到崇拜。四郎在原城中毫不懈怠地主持礼拜、进行说教，起义农民的士气极度高涨。据说逃走叛变的只有山田右卫门作（南蛮画师）一人。右卫门作的家人全部被起义农民们处以极刑，但是由于幕府的总攻击来得意外地迅速，被逮捕禁锢起来的右卫门作却意外地逃得一命。起义农民们对天草四郎的虔诚，通过下面的传说可以看得更加清楚。据说曾经有一个参加起义的农民对着包围的幕府军大叫：“有马将军益田（天草）四郎大人现在好像有些头疼，说是对这种胡乱发射的枪声感到很讨厌，你们别再打枪了。”③

    幕府、大藩和起义

    最初，幕府以为这只是简单的农民起义，作出了过小的评价，名九州的大大名岛津、锅岛、黑田、立花、细川诸藩出兵剿灭，用总兵力十三万的大军把原城里的起义军包围起来。

    被幕府任命为包围军司令官（上使）的是三河国额田城主，领地一万石的毫无分量的小大名板仓重昌。即使出自以勇武闻名的世家，小藩主板仓重昌要统驭大藩的军队还是很难办到的；另外重昌有借本次战争的战果博得全国民众的注目、取得幕府对自己能力的承认等种种复杂想法。

    这次战争，呈现出把妇女、儿童和老人都卷入其中的近世战争的特征，城中除了手制的武器和旧的筑紫雉刀以外，还准备了投石（印地打）用的石块、铁器、铁炮、弓、苫④等。为了防止炮弹的狙击，起义者们还在原城的攻击口、城西面的攻击口分别掘了闪电形的防弹工事（堑壕），在各个紧要地点推起了防炮弹的竹束藏身其后。在这些工事完成之前，锅岛等藩的士兵们一直遭到来自城内的攻击。

    起义军与包围军的战斗

    十二月三日，天草四郎进入原城，九日起一大军入城。十二月十九日，第一次总攻击由于锅岛军的先发动进攻，包围军行动无法取得一致而惨败，死伤者数百名。十二月初老中松平伊豆守信纲作为上使从江户出发，在东山道水口宿里挑选了十名甲贺忍者，加入到自己的随从中。

    司令官板仓重昌听到“司令官变更”的传闻后感到责任重大，突然在第二年的正月元日一早发出了第二次总攻击的命令。虽然进行了一次激战，但是起义军的死伤者不到百名，包围军死伤者达到三千八百多人，板仓重昌也被起义军击毙。

    新司令官松平伊豆守对拥有十三万庞大人马的包围军重新整顿，决定停止力取。他采用了把荷兰商船得利普号送到有马，用大口径火炮对原城展开攻击，在地下挖掘壕沟打算从第三方起进攻，用箭发射书信期望从内部击破等方法，最后，不得不换成攻击起义军的兵粮，等待起义军耗尽弹药的持久战法。