之作，汉武帝一怒之下，把董仲舒关进监狱，按律当斩，但汉武帝鉴于董仲舒是著名的经学大师，特下诏赦免了他，从此董仲舒不再言灾异。

    后来，董仲舒被任命为中大夫，但没几年又被公孙弘设计逐出朝廷。公孙弘与董仲舒是同学，但公孙弘嫉妒董仲舒的学问比他好，后公孙弘入仕，位至卿相，他善于玩弄权术，被董仲舒斥为谄佞之人，致使他更加忌恨董仲舒。适逢武帝欲派人任胶西王相，胶西王刘端是汉武帝的异母兄，特别恣意放纵，去他那里任相的不少人都被杀害，公孙弘便推荐董仲舒，企图借刀杀人。好在董仲舒名声很大，刘端“素闻其贤”，也还能善意地对待他。

    公元前121年（元狩二年），董仲舒辞职回家专心写书。为深化其天人理论的内涵，顺应大一统的要求，董仲舒又提出“君权神授”的观念，汉武帝大为感兴趣。朝廷如果有什么议论不决的事情，武帝使命令使者去董家问董仲舒的意见，可见其受尊重程度。

    董仲舒晚年，“去位归居，终不问家产业，以修学著书为事”。他一生除担任了两次诸侯王的丞相之外，没任过其他官职。虽是无足轻重的闲官，但级别却相当高，属高级官员之列。

    公元前104年（太初元年），董仲舒去世，汉武帝亲自为他选择安葬之地，并在陵前修建董子祠。据说汉武帝每次经过他的陵园时，三十丈之外，便下马步行，随从臣子照例这样做。从此后也便形成了一条不成文的规矩：上至达官显贵，下至平民百姓，骑马者，乘轿者，凡经过董仲舒的墓前，都要下来步行。因此，董仲舒墓又被称为下马陵。

    董仲舒如此受器重但没有被委以重任的一个重要原因是他“为人廉直”。居官时，“数上书谏争”，对社会问题揭露深刻，其政见多与时相左，因此政治上不得志。董仲舒对自己的处境颇有感慨，他作《士不遇赋》，感叹自己的怀才不遇。