接受蒙古对吐蕃的统治。

    后来蒙哥继任大汗，忽必烈奉命出征大理国，途中驻军于六盘山（在今甘肃固原县东南），吐蕃喇嘛教萨斯迦派法王八思巴（萨斯迦班智达之侄），又来这里会见忽必烈。今西藏日喀则德钦颇章宫，还保存着八思巴朝见忽必烈的壁画，形象地记录了这一历史事件。

    忽必烈即位后，乃封八思巴为国师，后来又加封他为帝师。元世祖忽必烈尊西藏大喇嘛八思巴为帝师，命他制定蒙古新字，下诏颁行天下，俗称八思巴字。此后，元朝皇帝和后妃们都以喇嘛为帝师，由其传授佛戒。帝师既是佛教的最高首领，统领全国佛教；又是西藏地区的最高政治首领，掌管西藏军民世俗事务，北京居庸关的云台寺和北京市区内的白塔寺都是元朝著名的佛教建筑。

    道教也是元朝十分推崇的一门宗教。因为它也是有着大汗钦点的历史。成吉思汗西征时，曾经召见全真教主丘处机，问以长生之术，呼之为“丘神仙”，封为国师，赐号“长春真人”，命其总领道教。丘处机随从到过中亚等地，其弟子李志常著有《长春真人西游记》，这是研究中西交通史的重要史料。另外，《雪山应聘图》绘的也是丘处机偕弟子尹志平等18人，受成吉思汗之召，前往西域，在雪山之下，阿姆河畔营帐里应聘的情景。

    道教在元代分为几派。江南有正一教，也称天师道。天师世居江西龙虎山（在今江西贵溪），这是传统的旧派。在北方有3个新兴的派别，即全真教（王喆所创）、大道教（刘德仁所创）、太一教（萧抱珍所创）。其中以全真教势力最盛，广泛流行于北方。忽必烈统一江南后，又宣召正一教天师至京城，命其世代管领江南道教。道教徒在元代被称为“先生”，一般是种田的不纳田税，做买卖的不纳商税。全真教在北京的总坛是位于京西的白云观。

    基督教自欧洲传入，在元代被称为也里可温（意思是信奉基督教的人）。大约在公元1293年间，意大利教士约翰·孟德高维奴来北京传教，任第一任天主教总主教。元代基督教在全国各地都有信徒，在沿海城市和内地都有教堂。

    伊斯兰教在元代也颇兴盛。信奉伊斯兰教的阿拉伯人、波斯人和突厥人大批来到中国，散处各地，被称为“回回”。他们的传教士称为答失蛮（波斯语音译，意为学者）。当时，也有一些汉人和蒙古人信奉伊斯兰教。