元朝的全方位大融合也造就了思想上的空前活跃。在思想文化上，元朝的统治者与辽、金等少数民族统治者一样，他们积极吸取、接受汉族文化传统，以“武功定天下，以文德治海内”，并以孔子创立的儒家学派为正统思想，作为儒学宗师的孔子，也被封为“大成至圣文宣王”。

    朝廷还设立官学，以儒家的四书五经为教科书，“自京师至于偏州下邑，海陬徼塞，四方万里之外，莫不有学”。元朝的最高统治者还亲自带头学习经史，表示对于儒学的重视。并下令翻译儒家著作，还请名儒学大师讲授汉文经典，要求皇室成员、群臣百官都必须习读儒经。

    在朝廷中，统治者任用儒士，如耶律楚材、赵复、许衡、姚枢等一批汉族或少数民族中的儒林名士，都先后委以要职。在他们的宣传、影响之下，使儒家学说在元代得到广泛的传播。

    在程朱理学的地位被统治者得到确认的同时，儒学声势的显赫也存在着很多不和谐的韵律。因为，元朝统治集团的上层，来自不同的民族，他们在利用正统的儒家学说巩固统治的同时，也尊崇各族固有的宗教信仰。信仰的多元化，削弱了儒家思想在群众中的影响。事实上，元朝的最高统治者懂得不同的学说、教派，也知道其有着不同的效用。元仁宗常常说，“明心见性，佛教为深，修身治国、儒、道为切”，因而都予以宽容。

    至于儒学本身，也在各种思想的碰撞中，在崇尚功利的社会心态影响下，分化为不同的流派，甚至分裂出像邓牧那样把儒家大同理念与道家无为主张结合起来，敢于抨击皇帝**和官吏贪暴的思想家。总之，“元有天下，其教化未必古若也”，程朱理学独尊的局面也发生了变化，演化出各种各样的复合体和交叉体，思想领域呈现出各种观点和流派争雄斗胜的特色。

    元朝廷对各门宗教采取兼收并蓄的态度，加以优待和提倡，唯独禁止白莲教和弥勒教，因为这两种宗教在民间秘密流传，已成为农民进行反抗斗争的工具。在这种政策之下，佛教、道教，基督教和伊斯兰教等都得到很大的发展。另外，景教和明教（摩尼教）等也都可以自由传播。

    元代最盛行的宗教是佛教，特别是从西藏传来的喇嘛教。喇嘛教是佛教传入西藏后形成的一个教派，最受到元朝统治者的尊重。吐蕃（今西藏）地区，在贵由为蒙古大汗时，已通过吐蕃的喇嘛教萨斯迦派首领萨斯迦班智达向蒙古纳降，