在1563－1763年的两个世纪中，西方文明发生了一次伟大的思想和宗教革命。这是自从西方社会在罗马帝国的废墟上就地崛起之后，最伟大的一次革命，它超出了先前任何一次变革。此时，西方的思想家们已不再不加鉴别地继承先辈们的遗产。他们决意今后要通过对各种现象的独立观察来检验被继承的学说，要进行独立的思考。他们也尽力与少数异教徒和平共处。他们不再感到有责任或冲动去把大多数人的信仰和习俗硬性强加给所有的人。这两大革命并非一蹴而就，而是在曲折中前进的。1686年，丰特奈尔发表了《宇宙万象解说》，乔尔丹诺·布鲁诺为了这个学说于1600年付出了生命的代价；而丰特奈尔却长命百岁，直到1757年安然死在床上。1687年，牛顿（1642－1727年）发表了《自然哲学的数学原理》，并且没有受到任何基督教会当局的封禁勒令，幸免了伽里略1633年的厄运。另一方面，路易十四于1685年撤销了《南特敕令》，这一法案曾授予法国的少数新教徒以信仰自由。

    西方人长期遭受权力的奴役，当然现在他们已从中解放出来了。在15世纪末叶以前，所有异教都遭到了罗马帝国政府的强行镇压。在罗马帝国西部的一些继承国，比如1391－1492年间的西班牙和1497年的葡萄牙，所有未能在国外找到政治庇护的犹太人都被迫皈依了基督教。13世纪以来，古希腊时代的希腊哲学家亚里士多德的学说被强加给西方基督教神学家和哲学家。15世纪以后，又把西塞罗时代和奥古斯都时代拉丁文作家的风格，强加给了当代西方的拉丁文作家。

    在教义中篡改了“及圣子”句的西方基督教的权威，尚未受到反叛天主教会罗马教皇统治的新教徒的指责。新教徒用《圣经》这一权威经典取代了罗马天主教庭的权威。新教的主教象罗马天主教的主教一样，不容异端学说，把他们自己对西方基督教教义的观点强加给他们的臣民。西方基督教世界的内部分裂只是加剧了两派的竞争，与统一时期的他们的罗马天主教前辈们相比，他们的行为之狂热、恶劣都有过之而无不及。

    对古典拉丁文作家风格的模仿，比起先前西方基督教思想家对亚里士多德的理性顺从，显得更加肤浅。另一方面，在西方，古希腊时代希腊数学和科学著作的出版激发了人们的独立思维，后来的科技发明和地理发现推翻了许多物理现象的古典解释。在这个领域，古代知识的复兴走上了新的历程。

    西方人从他们希腊——罗马祖先的理性僭主政治中解放了自己。这一点在丰特奈尔的《闲话古人与今人》（1688年）和威廉·沃顿的《古代与当代学问的反思》（1694年）中被戏剧化地表现出来了，但论战的序幕是由让·博丁（1530－1596年）拉开的，弗朗西斯·培根（1561－1626年）和勒纳·笛卡尔（1596－1650年）进一步推动了这场战斗。在这之后，现代派赢得了决定性的胜利。此外，胜利者不得不承认赞美路易十四的人并不是比荷马更好的诗人，他们没有署名，所以他们的赞美诗也就不再流行，尽管基督教宣称基督教文明超过了任何前基督教文明。近代西方成就的这些斗士，在自然科学、技术和哲学这些领域中赢得了胜利。

    西方的“宗教战争”使基督教信誉扫地。它开始于1534年，时断时续，直到1648年。这些战争既狂热又伪善。那些好战的君主本是出于政治上的动机和目的，却要戴上宗教定罪的面具。那些主张扩张教会势力的人，用他们愚昧无知却发自内心并充满仇恨的热情，把这些好战君主的仇恨煽动起来。1660年，一些有志于自然科学的人在英格兰创建了皇家学会，他们的目的不在于要颠覆基督教，而是要从道义上更新它。他们的政策是要将当代人的思想感情从既缺乏教育意义，又缺乏说服力的神学争论中转移出来，使他们把注意力转到有关自然现象的问题上，并不带偏见地讨论这些问题，通过观察或实验，有说服力地回答这些问题。

    在这场“宗教战争”中，同时还有另外一些评论家和牺牲者。他们确实在寻求削弱基督教对西方人心灵和精神控制之路。由于这仍是一个危险的游戏，因此他们只能秘密地工作，只有在基督教世界之外的地区例外。比如，日尔曼人在日本巧妙地避开了基督教会的活动，不断地为同人提供安全保证。丰特奈尔在他为科技界故人所作的讣告辞中写下的格言，似乎无法为基督教义所宽容。在1688年出版的《神谕的历史》中，他更加大胆了。皮埃尔·培尔是一个流亡在荷兰北部的法国异教徒，他于1695－1697年在鹿特丹出版了《历史与批判词典》一书，这简直就是狄德罗与达兰贝尔合著于1751－1765年间在法国出版的《百科全书》的原型。培尔仿效同时代西方希腊和拉丁语作家们所采用的注释式的版本。这些注释用小的字体印出来，看似不引人注目，但往在却占去了大部分篇幅。他的原文似乎是一剂镇痛药，但如果作者在那些语意深奥的注释中所表达的意图，恰恰被读者理解为是嘲讽挖苦之意的话，那么他对于原文的注释，便颇有某些颠覆的意味了。

    大约过了80年以后，爱德华·吉本在写作《罗马帝国衰亡史》一书时，也采用了培尔的写法。但这并未能使它免受责罚。此书发表于1776－1788年间，其中对于罗马帝国皈依基督教所作的解释并不怎么高明。在西方国家中，英国率先确立了宗教信仰自由，但是真正做到不计较异教的信仰和观点，却是个缓慢的过程。约翰·韦斯利（1703－1791年）早在1739年就开始热衷于传教活动，当时，吉本（1737－1794年）还是一个婴儿。与吉本同代的法国人伏尔泰（1694－1778年）和百科全书派更加直言不讳，并且没有受到惩罚。尽管如此，在18世纪，伏尔泰仍觉得住在法国与瑞士交界的瑞士一边是比较明智的。

    在17世纪的法国，布莱兹·帕斯卡尔（1623－1662年）把对基督教詹森教派炽热的信仰与科学天才结合起来；波舒哀主教（1627－1704年）出版了《世界史教程》一书。和凯撒城的优西比乌斯（约264－340年）一样，波舒哀在这本书里也阐述了人类的历史，但他的意图是要为人们提供一个独一无二的、万能的上帝，即犹太教的上帝耶和华。伏尔泰写了一部关于人类文化和社会历史的书，来反驳波舒哀。在这部历史书中，他把中国人而不是犹太人置于头等重要的地位，而中国的文化是通过耶稣教会的传教士才为西方人所认识的。

    在西方建立宗教信仰自由的历史进程中，作为其文学的里程碑的是《论宽容的信札》（1689年以后）和《政府论》（1690年）。这两部著作是由遣返回国的英国流亡者约翰·洛克（1632－1704年）所著。实践的里程碑是利奥波德一世的作为，他是罗马天主教多瑙河哈布斯堡王国的君主。他在1690年向原来归附于匈牙利王权的所有基督教教徒和至今仍在奥斯曼帝国统治下的所有人民发表了一项声明，授予他们宗教自由的权利和部族自治权。这种自由和自治仍在哈布斯堡王朝的统治下，又要符合奥斯曼帝国的标准。1690－1695年，利奥波德为流亡的塞尔维亚东正教团提供了庇护权，条件是维持他们在哈布斯堡的领土上对一个奥斯曼非伊斯兰教社团（米勒特）的特权。最近到1664年，在“三十年战争”（1618－1648年）中被哈布斯堡王朝重新占领的波西米亚王室领地之一的西里西亚人民，直到1664年都一直公开表示，愿意让奥斯曼征服者来解放他们。在其间的25年里，多瑙河哈布斯堡王朝出于与俄国竞争的需要，转而采取了宗教自由的政策。它与俄国竞争，为的是从政治上忠于奥斯曼东正教。由于在1682－1683年对维也纳的第二次围攻惨遭失败，奥斯曼帝国正在失去对奥斯曼东正教的控制。

    西方人赢得信仰自由与赢得理性独立一样，是一个缓慢的过程。在法国，1685年撤销了《南特敕令》；在中国，耶稣教会传教士为了争取立足之地，不得不采取一些迂回措施。他们学习掌握儒家文化，介绍西方天文和军事技术的一些实用知识，允许皈依宗教的人继续在世俗仪式中用传统的中国方式膜拜他们的祖先。通过这些措施，耶稣教会的活动终于在中国立住了脚跟。利马窦（1552－1610年）是耶稣教会在中国的创始人，由于他精通儒家文化，因而被中国儒家学者吸收到他们的社团里，在那里他取了一个中文的笔名。耶稣会教士将“救世主”译为“天”。不肯让步的罗马天主教当局破坏了耶稣教会的工作。他们禁止中国的皈依者用传统的仪式来膜拜祖先，并坚持“救世主”应被翻译成“天帝”的说教，以表明基督教的上帝并不是超人的，而是与人同质的。罗马教会挑起了一场和大清帝国政府之间为时30年（1693－1723年）的论战，作为其结局，基督教在中国遭到了禁止和压制。罗马教廷没能从1587－1638年间在日本的经历中吸取教训。在欧洲，多瑙河哈布斯堡王朝承认东正教教徒的信仰自由42年之后，信仰新教的基督教徒在1731－1732年间被驱逐出了毗邻的萨尔茨堡主教管区。

    在西方国家里，彗星的出现被看作是上帝创造的一个奇迹，用以警告那些即将受到惩罚的人。但这种迷信思想在17世纪消亡了。不过，1680年彗星的出现仍然引起了恐慌。1682年，培尔发表了《彗星出现的不同见解》一书，宣称1680年出现的彗星和所有其他彗星一样，都是很平常的自然界现象。当1682年另一颗彗星出现时，天文学家埃德蒙·哈雷认为它与1456、1531、1607年出现的彗重没什么两样。他测算出了它的轨迹、周期和速度。哈雷也同样测算了1680年出现的彗星。另一种西方迷信是对巫术的迷信，这种迷信思想的消亡更为困难。从西方基督教世界第一次对这种迷信公开提出挑战，到这种巫术最后一次在那里作怪，200年（1563－1762年）过去了，其间数以千计无辜的人们被羞辱地处死。

    对于权威不容异说的褊狭和迷信的抵制，在理性和道德上都是一次胜利，它造成了西方社会文化和社会结构的空缺。这些空缺伴随着各个生活领域中程度不同的成功，或多或少为一些审慎的替代物所填补。

    那些曾煽动起象1572年使徒巴多罗买日的巴黎大屠杀和1649年德罗赫达大屠杀的宗教辩论，成功地被数学和自然科学引起的兴趣取代了。人们希望把数学化了的科学系统地运用于科技，从而提高人类的福利。这种愿望激发了人们对数学和自然科学的兴趣。列奥纳多·达·芬奇很早就表述过这种愿望。弗朗西斯·培根也抱有这个愿望，而这个愿望又激励了培根的门徒——“皇家学会”的奠基人们。威廉·哈维（1578－1657年）是帕多瓦大学一名英国学生，他于1628年发表了他的《心血运动论》；罗伯特·波意耳（1627－1691年）将化学科学从炼丹术中解放出来；伊萨克·牛顿使西方的物理学和天文学发生了革命；查尔斯·林奈创立了生物圈里植物群和动物群的系统划分，林奈相信他所划分的种和属的不变性，在他看来，大自然是静态的，林奈的同代人乔治·路易斯·勒克莱尔和孔德·德·布丰（1707－1788年）发现了证据，证明迄今为止自然界在时间上，已经经历了一个漫长的过程，他期望这一过程能在未来继续下去。

    在哲学领域，由于对亚里士多德权威的抵制所造成的空缺，尚未被人文主义者们对柏拉图的崇拜所填补。17世纪的西方思想家试图找到一个明确的突破口和一个崭新的开端来填补这个空白。勒纳·笛卡尔从认识论角度作了尝试。即使对于那些对笛卡尔已穷尽了真理的论断提出质疑的后继者们来说，他的《方法论》（1637年）一书也一直是理性的标志。约翰·洛克则对认识论加以实验性探索。斯宾诺莎（1632－1677年）和莱布尼茨（1646－1716年）试图为形而上学奠定新的基础。在社会学领域，托马斯·霍布斯（1588－1679年）通过对心理学王国所作的初步探索，巩固了他关于社会契约的假设。洛克也从事这一领域的工作，但未能达到这个深度。詹巴蒂斯塔·维柯（1668－1744年）在他的《新科学》一书中，开辟了文化