1190－1511年间的3个世纪中，东南亚在政治上、人种上和宗教上经历了巨大的变化：蒙古人的袭击遭到失败；操大陆东亚单音节诸语言的民族——尤其是泰族不断向南定居并建立了政治统治；僧伽罗人的上座部佛教及伊斯兰教逐渐传播；最后，来自西方基督教世界的葡萄牙航海者又不期而至。

    蒙古入侵者在东南亚陆海两路却未能取得成功。他们在1257年、1285年和1287年三度占领了现属越南北部的地区，但越南人每一次都迫使他们节节后退。1285年，蒙古人通过越南北部征服占婆的企图也被占人击败。1287年，蒙古人的确成功地占领了上缅甸蒲甘王国，但他们在1303年退出这一地区。在大陆东南亚，与1261－1303年间在叙利亚一样，当蒙古人遇到坚决的军事抵抗时，在后勤上处于不利地位的形势下，他们被这一战场与他们远在欧亚大平原东北边缘的基地之间的遥远距离击败了。蒙古人于1292－1293年对爪哇发动的海上远征，与1274年和1281年对日本进行的海上远征一样，也遭到了灾难性的失败。

    信奉大乘佛教的爪哇胜利者，于1293年建立了满者伯夷帝国。这是印度尼西亚最后一个前伊斯兰时期的帝国。苏门答腊的长寿帝国室利佛逝在击退蒙古人的斗争中没有发挥任何作用。泰族人对它在马来半岛上的领土施加军事压力，这使它遭到了削弱。满者伯夷帝国在爪哇的兴起，以及1295年前后伊斯兰教传入苏门答腊西北部，使它进一步遭到削弱。但没有明确的证据表明苏门答腊是否落入了满者伯夷统治之下，或是否成了它的附属国。

    满者伯夷帝国在大约1513－1528年间被皈依了伊斯兰教的一些爪哇小国联合推翻。一位苏门答腊夏连特的王子拜里迷苏刺，娶王朝一位公主为妻，他于1403年建立了马六甲城，这座名城位于以它命名的马六甲海峡靠大陆一端的海岸上。到1414年，拜里迷苏刺皈依了伊斯兰教，取名穆罕默德·伊斯坎达尔·沙，马六甲也成为伊斯兰教传入印度尼西亚的基地。从8世纪起，来自波斯湾沿岸各港口的阿拉伯和伊朗穆斯林水手就在伊斯兰世界和中国之间的海洋上航行，建立商业基地，并沿途在大陆和岛屿沿岸对当地居民进行劝化。在印度尼西亚，这一进程由于马六甲城的建立和皈依而得到了新的推动。然而，与印度次大陆的经历形成对照的是，在东南亚大陆和岛屿，伊斯兰教的统治不是通过武装力量强加的。伊斯兰教在这里的传播是当地统治者及其臣民自愿接受的，但这种皈依只是浮浅的。印尼人把信奉伊斯兰教与保留他们在过去1000年中接受的印度文化相互融和起来。在伊斯兰教的外表下，他们传统的印度主义仍然保持着活力。《摩诃婆罗多》仍然比《古兰经》更能温暖印尼人的心房，激发他们的想象力。

    1190年传入缅甸的僧伽罗上座部佛教