挥米太亚得的指挥才能，其它将军都自愿放弃自己轮流当总司令的权利，让米太亚得一人全权指挥这场战争。

    当时雅典军队有一万人，加上一千援军，总共不过一万一千人。而波斯军队有１０万人，而且装备精良。在敌强我弱的情况下，米太亚得决定不与敌人硬拚，而是把战线稍稍拉长，把精锐步兵安排在两侧，正面战线上的兵力比较薄弱。公元前４９０年９月１２日清晨，大战前夕，米太亚得对希腊将士做战斗动员，他说：“雅典是永远保持自由，还是戴上奴隶的枷锁，关键就在你们。”他激动人心的话语，激励了士兵们保家卫国的决心。

    激战开始了，希腊士兵在下面发起进攻，波斯军队不知是计，立即反攻。希腊军队边战边退，波斯军队步步进逼。在千钧一发的时刻，埋伏在两侧的士兵以迅雷不及掩耳之势冲出，从两侧夹击波斯军。波斯军队由于追击希腊人，战线拉得过长，这时陷入希腊军队的包围，首尾不能相顾，连忙慌忙逃向海边，想上船逃跑。希腊军队尾追至海边，和波斯军展开夺取军舰的战斗。一位叫基纳尔的希腊战士，他奋不顾身地用手抓住战船，被敌人砍掉了一只手，他忍住疼痛，用另一只手抓住战船，终于和战友们一起夺取了一艘战船。这场战役中，波斯人丢下了６４００具尸体和７条战船。雅典人牺牲了１９２人，其中有执政官卡利乌斯和几位将军。当天晚上，斯巴达派来的２０００名前锋战士赶到时，只见月光下尸首遍野的战场。

    米太亚得急于把胜利的消息告诉正在焦急等待的雅典人民，他又选中长跑能手斐里庇得斯去传送消息。这位长跑能手当时已受了伤，可是，为了让同胞们早点知道胜利的消息，他拚命奔跑，当他跑到雅典城的中央广场时，已上气不接下气，他激动地喊到：“欢……乐吧，雅典人，我们……胜利啦！”喊声刚落，他便一头裁倒在场，再也没有醒来。

    希波战争持续了将近半个世纪。马拉松战役是希腊人和波斯人交锋的第一仗，这场战役极大地鼓舞了希腊人为自由和独立而战的斗志。

    为了纪念这场战役的胜利和表彰尽职尽力的英雄斐里庇得斯的功绩，１８９６年，雅典人在第一届奥林匹克运动会上，规定了一个新的竞赛项目——马拉松赛跑。距离是马拉松至雅典的距离，根据当年斐里庇得斯经过的路线确定为全程４０公里又２００米。１９２０年，经过仔细测定又把距离改为４０公里又１９５米。斐里庇得斯的名字和马拉松战役将随着奥林匹克运动会的圣火一代又一代地留存在人间。