从历史来看，耶鲁学院的办学宗旨自创办之日起便十分明确，那就是继承欧洲人文科学传统，为教会，更具体地说是为公理会培养为民众服务的神职人员。因此，耶鲁学院的教学中处处都渗透着宗教的气息和贯穿着宗教的价值。那时，学生必须严守教规，必须住校，到教堂做礼拜，开设的课程都是神学及古典文学。基本上教会主宰学校生活的每一方面，指挥学生生活的节奏。这种办学方式一直持续了很长一段时间没有变化。

    耶鲁在经过了第一任院长之后，又经过了赛缪尔·安德鲁牧师、蒂摩西·卡特勒牧师两任院长。而第三任院长蒂摩西·卡特勒则是在1722年被院方革职离开的。直到1726年，耶鲁学院才又有了新院长伊莱沙·威廉斯牧师。在他所任职的13年间，耶鲁学院师生上下一心，团结一致，赢得了民众的信任，保证了生源，每班学生能稳定在15—20名左右。

    紧随伊莱沙·威廉斯牧师其后的第4任院长是1740年的托马斯·克拉普牧师，这是一位令人敬畏的人。他的两个举措至今仍让耶鲁人称颂，一是他让学生退出中心教会，同时成立了学院教会，也就是今天耶鲁大学的“基督教会”。二是克拉普还设立了耶鲁的第一个教授职位——利文斯顿神学教授职位。

    1755年，克拉普不知是否出于时势的考虑，他指定那夫塔里·达格特牧师为他的继任，并宣布万一他因学生骚乱或缺乏民众支持被革职，达格特便可行使院长职权。后来，独立战争爆发，达格特果然管理校政长达11年之久。

    在独立战争初期，埃兹拉·斯泰尔丝牧师出任耶鲁院长。这是一位睿智的学者，他不仅言行举止得体，而且还思想开放，不断探索耶鲁的新的发展方向。斯泰尔丝希望将耶鲁学院发展成大学。可惜，鉴于当时战争所带来的方方面面的困难，甚至还出现了学生被遣散回家或疏散到内地城市的窘迫局面，而战争带来的通货膨胀、疾病与食物短缺也使学院处境更为艰难，因此，使斯泰尔丝的设想无法实现。斯泰尔丝去世后，其继任为蒂莫西·德怀特。这是耶鲁历史上最威严、影响最大的院长。他既是知名教师，又是北部联邦同盟盟员的“教皇”。直到南北战争爆发，他用其智慧和能力，利用“第二次大觉醒”、祈祷会及祈祷日，使学院面貌发生了一系列变化。

    当时间的车轮步入美利坚合众国独立之时，耶鲁也经历了3/4世纪的时间。这个时候的耶鲁，在北美经历了这么长一段时间的冲刷后，很多原来欧洲传统的观点也在点滴发生着变化。首先，为了适应当时国内经济形势的发展趋势，耶鲁不得不开设了自然科学、工艺、法律政治等实用性的职业课程，这无疑是违背了当初为宗教服务的宗旨。而由于这个，耶鲁也曾经面临过一丝尴尬。