二世授予其弟约克与奥尔巴尼公爵詹姆斯一份北美殖民地特许状，将康涅狄格河西岸到特拉华湾东岸包括纽约和缅因东部在内的大片土地封给他们，这使他们成为在北美拥有土地最多、权力最大的业主。4月，约克公爵任命理查德·尼科尔斯为代理总督，率450名英国正规军士乘4艘战船远航北美，前往新尼德兰，夺取他的封地。经垢天激战，荷兰人惨遭失败，被迫交出城堡。从此新阿姆斯特丹易了主人，约克公爵便以自己的名字将该城命名为“新约克”——纽约从而诞生。

    8月，荷兰人与英国人签订了新阿姆斯特丹投降协议，规定本地居民仍为自由民，照旧保有各自的土地和房屋等财产。荷兰居民可以保持自己的信仰、习俗和制度；甚至连荷兰人的总督斯图维森也留了下来，在英国人的统治下安度余生。这种做法为英属殖民地保持广泛的开放性和包容性创造了先例。

    其后很久，荷兰人在社会上和经济上仍对纽约有着重大的影响。荷兰式的人字斜屋顶建筑永远是纽约风景的一部分；荷兰商人也给纽约带来了忙碌的商业气氛；在纽约，假日期间仍保持着荷兰人饮酒作乐的习惯；荷兰人许多习俗，比如新年时访问邻人，庆贺圣诞老人来临等，一直流传多年。

    为了稳定纽约殖民地的局面，尼科尔斯总督开始修订纽约的法律制度。他召集当地的13个英裔人村镇和4个荷裔人村镇的34名居民代表开会，通过了有关地方政府、司法、刑事、民事、商贸和印第安人事务等一系列法令，公布后称为《公爵法》，授予居民选举官员和建立教会等权利。为了安抚荷兰和其他国家的居民，也为了招徕新的移民定居纽约，他还颁布了宗教宽容法令，这在客观上加快了纽约殖民地的发展步伐。尼科尔斯总督的做法非常聪明灵巧，结果，不仅英格兰人对他推崇备至，荷兰人也很爱戴他。乡镇政府具有新英格兰的自治特色，不到几年，遗留下来的荷兰法律和习俗与英国的惯楞相互融合在一起了。同时，为了培植自己在经济和政治方面的亲随势力，约克公爵还将殖民地的其他广袤土地进行了新的分封。1673年，英荷战争期间，荷兰人击败英国人，重新夺回纽约殖民地。但是，随着英国在欧洲战场获胜，荷兰被迫于1674年2月再次交出纽约殖民地。

    1700年，纽约居民达30000人，但纽约面积广阔，行政费用庞大，约克公爵负债累累。为了弥补经费不足，纽约新任总督托马斯·唐甘奉约克公爵之命，召开了一个会议。会议制定了“自由和特权的特许状”，宣布议会有至高的立法权，不经它的同意，不得征税。正当这个特许状送给约克公爵审批时，1685年，约克公爵登上英国王位，成为英王詹姆斯二世。纽约殖民地也由于约克公爵身份的变化，从业主殖民地变为王室直辖殖民地。

    1686年，英国政府为了加强对北美殖民地的统治，增加关税收入，先后吊销了马萨诸塞、新罕布什尔、缅因、罗德岛、康涅狄格、新泽西和纽约等殖民地的特许状，将它们合并为“新英格兰领地”，以波士顿为政治中心，任命前纽约总督埃蒙德·安德罗斯爵士为领地总督，对殖民地进行不设议会的专断统治。