此召募新军，并对新兵采取了不同予以前卫所制的新编制，配备了不同的武器。他按照抗倭阵法的要求，把最基层的单位称队，每队十二人，设队长；四队为一哨，设哨长；四哨为一官，设哨宫；四官为一总，设把总。队配备长牌一面，藤牌一面、狼筅二把、长枪四支、短兵二件，每官配有火铳、火器。从而使新军的组织更为严密。

    江南地区的地形特点是山丘起伏，水网密布，不宜于大兵团展开作战，而倭寇的作战特点是惯于使用重箭、长枪，善设伏、猛冲锋，擅长短兵相接。戚继光针对作战对象和地形特点创制了鸳鸯阵法。鸳鸯阵即戚军阵势组成的最小单位。其基本队形为：首一人为队长，次二牌平列、次二人持狼筅，次四人持长枪，次二人持短兵，末一人为伙兵。接战时，藤牌、狼筅、长枪、短兵均可杀伤敌人。同时狼筅各跟一牌，以保护拿牌人的后身，长枪每二人分管一牌一筅，长牌后面有短兵防护。这一战斗组织的最大优点是长短兵器迭用，攻和防结合，既便于消灭敌人，又能够保护自己。在路窄队形难以展开的地段，还可以把这种并列队形变成单一队形。路宽对，这种鸳鸯阵又可以变为大、小三才阵。这一阵法适合水网地形，又能充分发挥各种兵器的效用，减少自己的伤亡，并能抑制倭寇的战术优势。

    鸳鸯阵只是一种战术队形，不能完全满足作战的需要。于是戚继光在此基础上进一步创建了营阵法，其基本特点是一头两翼一尾，有奇正。当敌之兵即为头，为正兵；在左右即为翼，为抄敌奇兵；在后即为尾，是策应兵。以营为例，营分左右前后哨。接战时，前哨正面迎敌，左哨出敌右翼，右哨出敌左翼，后哨策应。在实战中，当敌一哨即为头，是正兵。因此各哨均可为头，均可为尾，均可为翼，均可为奇。小至一哨，大至全军，无不如此。戚继光令部属反复演练，熟练掌握这种阵法，使队伍进退有序，号令严明，有条不紊。进攻时。至少使敌三面挨打；后退时，互为照应，井然有序，使敌无隙可乘。

    戚继光率领这支组织严密、阵法完善的队伍。转战南北，驰骋于闽浙抗倭战场上，取得了一个又一个胜利，最终基本上消除了东南沿海的倭患。