国家关于“直销企业转型经营”的政策，采用了店铺加雇用推销员的方式开始了一个崭新的发展里程。

    1998年年底，本以为可以舒一小口气的南方李锦记又遭到了自创立以来最严重的一次打击，国家这时又出台了一项规定：部队不能搞直销。这对于与中国人民解放军第一军医大学合作的南方李锦记来说无异于晴天霹雳。

    第一军医大的撤退，对于还在困难中的李锦记来说，不仅意味着失去技术上的合作伙伴，而且也意味着要失掉一半的股份！这种情况无异于雪上加霜。但是，遭遇重大打击的李锦记并没有因此止步不前。

    1999年，南方李锦记转变为李锦记集团下属的独资企业，之后，他们依托香港科技大学的技术优势研制开发了五味子素——健安康延缓衰老片，这一成果被誉为“香港科技界的四大发明”之一。

    1999年底，香港特首董建华在施政报告中提出香港必须致力于开拓创新科技，其中一项就是把香港发展成国际中医药中心，包括要将香港发展成为全球首屈一指的中医药中心、康复中心、学术交流中心、中药鉴定中心，并在1999年制定出中药发展十年计划。李锦记作为香港发展中草药的先行者，其第四代领导人李惠森，成为政府唯一邀请参加的商业首脑，协助政府推介中药的发展和其在经营中草药保健品方面的工作。

    2001年在中国保健食品行业统计信息发布暨表彰大会上，广东南方李锦记营养保健品有限公司研制的无限极增健，男士、女士和儿童口服液获免疫调节（分人群型）类保健食品全国销量第一。公司同时被评为“中国保健食品一百强企业”。

    2003年，南方李锦记成功通过GMP、ISO9001：2000和HACCCP（食品安全控制体系国际认证）三项国际认证，这在中草药保健品行业中是很少见的。经过十年耕耘，南方李锦记已经发展成为集科研、生产和销售于一身的大型中草药保健品企业，共设立了二十多个办事处，拥有十多家分公司，遍布29个省市自治区的八十多家无限极专卖店，形成了强大的销售和服务网络。

    2003年9月，李锦记向清华大学捐赠1000万元建立“李文达医学生命科学图书馆”，并与清华大学签署科研项目合作意向书，进一步加速中草药保健品功能因子的测定。这不仅大大提高了开发新产品的技术实力，为中草药保健品的持续开发注入强劲动力，更显示出了南方李锦记真正以科技领军的决心。

    企业高科技的投入与一流的硬件设备相结合确保了优质的产品。现在，南方李锦记已经开发出了三大系列的产品，包括无限极中草药保健品、植雅中草药日用品、维雅中草药护肤品共二十多个品种。多项产品的核心成分均属于领先国际的高新科研成果，成为了国际健康产品市场上一道亮丽的风景。

    南方李锦记在内地发展的十几年来，紧紧依托内地中药资源与科技优势，秉承李锦记优秀企业文化，充分发挥严格品质控制与百年品牌的强大号召力，让现代中药和天然健康食品走向了世界。