按照威廉姆森1998年在《交易成本经济学》中的区分，这一学派可以分为两个分支，其一分支渊源自《社会成本问题》，重点关注制度环境，即是博奕的规则，这一分支伴随着对经济史、产权经济学、路径依赖性等问题的关注而发展。其二渊源自《企业的性质》，重点管制问题，即是如何博奕的问题，这一分支引发相关的产业组织理论及信息问题的文献。在某种角度上说，管制是对亚当斯密“看不见的手”思想的异议，而科斯在《企业的本质》中对无意识海洋中孤岛的反思，与以后钱德勒《看得见的手》中的论述遥相呼应。

    基于科斯对企业问题的考察，新制度经济学派也有新的阐发：

    阿尔奇安和德姆塞茨认为，企业本质上是一种契约。缔结这种契约的原因是企业可以成为一种“团队生产”，从而使合作的总产品及报酬比独自生产时要高。产权安排的目的是为了解决报酬的分配及激励问题。经典意义上的资本主义生产方式由此诞生。

    格罗斯曼、哈特和莫尔区分了完全契约和不完全契约。同时强调不完全契约，即是契约签定以后可能发生的事情不可能在签约时完全预见到并写入契约中，从而契约总是不完全的，这种契约的不完全性会产生交易成本。企业的产生，可以内化这种交易成本，企业本身也是一组不完全契约，把企业的所有权分解为剩余控制权和剩余索取权，即合同规定以外的控制权和收益权。可以有效地解决激励和信息披露问题，从而节约了交易成本。

    威廉姆森则从有限理性和机会主义出发，强调资产专用性、不确定性和交易频率对企业性质的影响。由于完备的契约是不可能的，所以在专用性资产上，买卖双方在签约前的竞争将转化为签约后的垄断，买方可能采取机会主义行为（如大坝建成后找借口违约），预见到这种可能性，卖方也会采取机会主义态度，事先就减少投资或不投资。这样交易有可能不能完成。合理的选择是买卖双方合并为一个企业。这便是企业的契约性质。

    追随科斯的考察，张五常强调了发现价格的成本，包括信息成本，度量成本和谈判成本等，进而提出一个更透彻的解释。他认为企业与市场的不同，是契约安排的两种不同形式，企业并非是替代市场，而是用要素市场代替产品市场，或者说是“一种合约取代另一种合约”。企业是一系列合约的结合体。在这些合约中，参与立约的各方，自愿放弃部分个人的权利，领取约定的合同收入，从而节省独自在市场逐次议价所产生的庞大费用。合约和制度的安排，目的在于降低市场交换所产生的交易费用。问题是，产品市场与要素市场并不总是可以截然分开的。同时，社会中每个人在相互竞争和作用的同时，几乎都受到合约的约束，那么，企业的边界在哪里，或者说，什么是企业？张五常的结论是，我们不知道企业为何物。

    张五常这个考察发表在1983年的《公司的合约性质》中，时隔20年之后，在《经济解释》卷92，张五常在重新回顾当年这一篇文章之后，再次强调，“最正确的看法，不是公司代替市场，也不是生产要素市场代替产品市场，而是一种合约代替另一种合约。因为零碎的生产贡献多而复杂，定价费用烦而高，市场就以其他合约代替。这些代替的合约不全部直接量度生产的贡献而订价，通常以一个委托之量定价处理。公司的成因，是量度生产贡献与厘定价格的（交易）费用高于监管及指导使用的（交易）费用。但公司究竟是何物还有疑问。”

    科斯用来解释企业的交易成本理论，经过张五常重新解说之后，演变成契约原理，而企业是什么的问题，却被消解得无法回答了，正如汪丁丁在《解释经济解释》第九篇《契约原理》中所写的：“从那以后，我始终认为科斯问题不再是一个问题——因为市场与企业都是契约结构的特例，世界上存在着大量既非市场又非企业的契约结构。用拓扑学的语言说，用契约结构对现象加以分类，远比用市场和企业这两个概念对现象加以分类来得更细致。换句话说，前者是比后者细致得多的拓扑。”也即是说，契约原理是比交易成本更为基础的理论。这是张五常比科斯高明的地方。