作为首辅大臣，救不了这些言官，干脆辞职。皇帝早就看他不顺眼，自然批准。

    这次顾宪成等人继续将皇帝不喜欢的王家屏列入名单，皇帝不高兴，下令再拟一份名单。可再次拟的名单，王家屏大名赫然在列，而且顾等人理由很充分，说没有哪条规矩说已经辞官的人不能作为首辅的候选人。可以想见，万历帝该是如何的窝火，心想你们这些老小子，分明是公开给朕叫板吗！于是顾宪成被革职回家了。

    那个时候，一个士人的声望和他的官职并不成正比，有些入阁大员，被天下士人嘲讽，有些品秩不高的官员，其道德学问却被天下士人景仰。顾宪成虽然官最高只做到司局长，但他的清名早就为朝野所熟知，这也是他回乡入东林书院，能引起那么大动静的根本原因。

    因此，他在朝的时候，内阁大臣们并不因为自己级别比这个“小顾”高得多，就在他面前颐指气使，或者摆出一副上级对下级关心爱护的样子。许多大臣对顾宪成，采取的是一种平等的态度进行对话。

    还在顾宪成当员外郎（副司长）的时候，大批言官上书请皇帝早封长子为太子，这种意见符合礼法——用现在的话来说是充分尊重宪法的建议，但和皇帝的意愿完全对立。皇帝又不愿意公开违宪，希望大臣们站出来替他说话，或者分担压力。当时的首辅王锡爵，他既不愿意得罪皇帝，但是也不愿意公开建议皇帝破坏祖制，而成为千夫所指，夹在中间十分难受。那个时候小官比阁臣好当，级别低的官员可以畅快地上书阐述自己的意见，得罪高层大不了回家，还博得了好声名。而做了内阁大学士可不能这样随便，因为他权大，责任也重，要小心翼翼地维持和皇帝的关系。

    有一次他碰见顾宪成，王是苏州太仓人，两人算是大同乡，王很诚恳地向顾提出自己的疑惑：“当今所最怪者，庙堂之是非，天下必反之。”意思是说现在怎么这样邪性，朝廷对某件事的是非判断，天下人必定反着来。

    顾宪成硬邦邦地扔下一句话：“吾见天下之是非，庙堂必欲反之耳。”

    顾在这里承认朝野对立，是非判断满拧这一事实，朝廷颂扬的、提倡的，民间必定嘲笑、反对，但因果关系和王锡爵所说的倒置。首先是朝廷罔顾民意，民间喜欢的、推崇的、坚持的，朝廷一定要反对，要限制，朝野关系紧张的责任是在庙堂而非天下。

    这种民间舆论和朝廷的是非观完全反着来的情形在大明晚期处处可见，被廷杖和贬官的人士，回到民间，被公众当成英雄一般看待。可谓是“权力在朝廷，道义在民间”。被削职为民的顾宪成正是由于这种朝野的分歧和对立，他可以利用自己的道德资源在老家办书院，不但当地士子、商人支持，连无锡知县这种中低级官员也鼎力相助。这种对立到了熹宗朝达到顶峰，已经不是舆论上的对立了，当权者对反对者的处罚也不仅仅是申饬和罢官了，而是利用专政机器，将反对者从**上消灭。东林书院被毁，东林诸君子被杀。幸亏顾宪成已于万历四十年（1612年）寿终正寝，免于他的学生兼同道高攀龙那样自杀的命运。而明帝国，也临近崩溃了。