效“周公辅成王”，帮侄子建文帝治理天下。可是破城第二天，他就匆忙“即皇帝位”。这样给人的印象是朱棣为了巩固帝位，使建文旧臣放弃反抗，似乎有意弄假成真，将马皇后之尸冒充建文之尸尽快埋葬。尽管明成祖“用天子礼”安葬了建文帝，但是南京却没有建文帝的陵墓。明末人谈迁在《国榷》中记道：“金陵故老，无能指建文帝葬处。”本朝人已指不出建文帝的陵墓，足见当时陵墓肯定不大，或者明知安葬的就不是建文帝。

    另外一个疑点就是城破时没有发现建文帝的长子。当时建文帝有两个皇子：长子朱文奎七岁，次子朱文圭才两岁。朱文圭，史称建庶人，被成祖幽禁在广安宫，直到英宗天顺年间才被放出来，当时已经五十七岁了。由于一直被关在宫内，出来时连牛马都分辨不清。然而作为建文帝长子的朱文奎却一直下落不明，《明史》中说“燕师入，七岁矣，莫知所终”。既然朱文奎可以逃脱，没有理由相信建文帝不能出亡。而且，所谓的“靖难之役”长达四年，并非朝夕之间，建文帝有充分的时间准备。朱棣进入南京时，江南、西北、西南、东南等大部分地区还都不在朱棣的控制之下，建文帝有能力组织有效的反攻。

    宫中大火之后，连明成祖朱棣自己也不相信建文帝真的**而死。《明太宗实录》记载，有一次明成祖对身边的大臣说：“朕于宫中遍寻皇考宸翰不可得，有言建文**时，并宝玺皆毁矣，朕深恸之。”宝玺被焚怎么可能没有一点残骸呢？建文帝很有可能带着宝玺逃跑了，借着宝玺他就有可能东山再起，这种疑虑与担忧始终萦绕在明成祖心中。《明史·胡濙传》记载，永乐五年朱棣派遣户科都给事中胡濙，以颁布御制诸书、寻访仙人张邋遢为名，暗中侦察建文帝的踪迹，前后长达十六年之久。所有这些都表明，建文帝有可能逃出宫了。