规定中国抗战损失从1937年起算，所以教育部的文物损失调查是以1937年七七事变为调查起始时间，而从1931年九一八事变至七七事变长达六年的时间内，日军对东三省、上海、热河、绥远等广大地区进犯和抢劫，必定会有文物损失。这在教育部文物损失调查数据中没有得到反映。

    登记时间仓促，很多损失未及申报。八年抗战期间，人民颠沛流离，背井离乡。据战后行政院善后救济总署统计，战时流亡民众达95448771人。1945年底至1946年初，战争硝烟尚未散尽，各地盗匪猖獗，道路毁坏严重，交通工具奇缺，远走他乡的广大民众很难及时返回故里，加之难民居无定所，要按时申报文物损失，实属困难。

    文物损失调查手续过于繁琐，要求过于苛刻。各地文物损失调查工作力量薄弱、资金严重不足，绝大多数地区只有一些表格供人们领取填报，甚至一些地区连调查表格也不能提供，通常情况下很少有人给予实际指导，文物损失查报工作难以彻底推进。而国民政府文物损失调查表格要求的严肃性，如不具备一定的文博知识或得到有关专业人士指导，恐难以完成。根据教育部文物损失调查工作的有关规定，在申报被劫文物损失时，不仅要填报受损文物的名称，尚须提供文物照片、图样或票据，损失的时间、地点，更要填报文物遭损失时施暴者即日伪机关或部队名称、日伪负责人姓名以及文物目前下落等，并附有当地有关部门的证明。日军入室抢劫，绝不可能开具收条，居民躲避尚恐不及，岂能强求日军报告其部队名称和长官姓名。因而“公私收藏家对文物损失之申报均不踊跃”，乃至无人申报（详见附表一）。