于“北京人”化石送交美国海军代运出等情，有资料显示，美国方面原计划由美国驻北平海军陆战队带到美国。1941年12月4日，两箱化石标本，连同美军人员的行李27箱，由火车专列从北平运天津转秦皇岛，当时由菲利军医负责接管。当天，行李在天津下卸，部分行李存巴斯特研究所，部分行李存瑞士在天津的一家公司内。当天，在天津还为海军陆战队员举行盛大告别会。不幸的是，来接美国陆战队的哈里逊总统号船(S.S.President Harrison)在马尼拉赴秦皇岛途中，即12月8日，为日本战舰追捕，在长江口外触礁沉没。

    “北京人”的运送，当时是悄悄进行的。1942年9月10日，被日军驱散回非洲、原北平协和医学校的负责解剖和新生代方面研究的教授佛腾，在给翁文灏的信中指出，“北京人”头骨原物等“原拟随美国驻平海军陆战队一道送往美国。日美开战后不久，美国陆战队队员在秦皇岛当了俘虏。上面提到的化石与美国陆战队队员在一起。这个情况我们是从一位陆战队队员那里得到的，这位接受委托的队员在北京关押时恰好阑尾炎发作，在北平协和医院作手术。他瞅准机会把消息透露给大夫。从此以后，我就不知道这批物品的下落了”。佛腾教授对其下落作了分析，“12月9日我去解剖系和魏敦瑞博士的研究室，在那里遇到一些日本军官，但没被询问。我判断日本人完全清楚这些物品的下落。但在7月份，我意外地被日本人召到北平协和医学校，问我是否知道‘北京人’在什么地方。我当然回答‘不知道’。从这次谈话中我判断，‘北京人’或许已被悄悄地运往日本了，所以并非每个对此关注的人都知道。或许它确实在秦皇岛丢失了。”

    佛腾在信中还谈到日军破坏的情况，“当日本宪兵队要用洛克哈特大楼时，他们把地质调查所的物品和图书统统装上卡车运到城外空地给扔掉。这些物品很快被老百姓哄抢一空，他们认为这些东西也许值几个钱。后来福格森博士还买了些上门叫卖的骨骸，……这就是您在任时曾付出巨大心血的那项研究工作的悲凉结局”。《佛腾致翁文灏函》1942年9月10日，中国第二历史档案馆档案，全375，卷846。有研究认为，新生代研究所的其他标本损失达67箱之多。

    1943年3月30日，翁文灏致函文森特，希望美国国务院和海军部帮助追查。他还指出，“我们迄今尚未公布这件事是为了避免引起日本人的注意”。

    其实，日本人早就注意了。1941年12月8日珍珠港事件前，日本东京帝国大学教授长谷部言人及其助教高井冬二来到北平，高井要求到新生代研究室工作两周，被获得同意。12月8日清晨，日本人侵占协和医院，立即派员到解剖系迫使管理人员将铁柜打开，检视所有一切后进行封存，并派兵守护。过了几天，日本占领协和医院的负责人田冈大尉和裴文中面谈，追问中国猿人标本存放何处，并说明保险柜中所存放的全是石膏模型。1942年8月下旬，长谷部言人和助教高井冬二再次来到北京，组织周口店调查所，继续开掘。高井带了一名日本宪兵，向裴文中追问中国猿人的下落。由于化石标本装运是悄悄进行的，裴文中并不知情，当然也就无从回答。

    此时，在北京的日文报，以及《朝日》、《大阪每日》等报刊，在重要新闻栏内发表这样的新闻：长谷部言人发现中国猿人标本已被美国人偷去，协和解剖系保险柜内的东西是假的，是石膏制作的模型。这种贵重的东西，原不许运至国外，但美国人不讲信义，把它偷走了。也许长谷部言人等人在北平没有什么成绩，住了一个月，又回东京去了。

    1943年4月，日本宪兵密探锭者繁晴（英文名Goargia）找到裴文中，明确表示受日本军部的命令，负责寻找中国猿人标本。锭者繁晴连续在3天内质询了全体有关人员。特别是博文因此被日本宪兵队囚禁了五天，追问没有结果。裴文中认为，日本军方插手此事，是因为长谷部言人在东京运动了要人，令日本军部找到“北京人”化石。军部认为锭者繁晴很能干，而让他承办此事。《裴文中关于“北京人”化石标本被劫及失踪经过报告》，中国第二历史档案馆档案，全5（2），卷914。

    大概在1943年5月至6月间，忽然有消息说“北京人”在天津找到了，并要息式白小姐去天津辨别其真伪，但很快又让她回来了，说天津发现的东西与中国猿人无关。从那以后，直到日本投降，日本官方就再也没有提起“北京人”这件事。据此，裴文中战时就猜想，日本可能已经找到了它所想要的。