蒙古帝国在蒙哥的统治下达到了势力的巅峰。他有效地集中了帝国的权力，并且因此得到所需的资源用以完成了成吉思汗和窝阔台对西亚及高丽的征服，把蒙古人的统治扩展到了中国西南部，并开始了对宋的战争。但即使他有着如此众多的成就，蒙哥仍应对在他死后立即出现的倾轧和冲突负有重大责任。作为中央集权的拥护者，蒙哥由于在任命上的错误和疏忽，给统一的帝国播下了造成其永远分裂的内战（1260—1264年）的种子。

    在这些错误中最具破坏性的是蒙哥没有在他自己家庭内部指定一个无可置疑的继承人。众所周知，蒙哥从未对继承人问题表态。他或许曾经有意暗示他的幼弟阿里不哥有优先权，因为在蒙哥于1258年启程前往南方的时候，阿里不哥被留下管理哈剌和林。但如果这确实是他的意图，那么考虑不周而且不可理解的是，他没有进一步昭示天下，明确他的选择，或者加强阿里不哥的权势。所以，这种含糊的状况导致了忽必烈和阿里不哥为了继位的权利而斗争。拖雷系的分裂进而给其他支系那些心怀不满的成员提供了一个重申和提出各不相同而且经常相互冲突的利益要求的良好机会。

    幸存下来的察合台系诸王仍然承受着因为蒙哥对他们家族大清洗所带来的痛苦，乘机迅速地在突厥斯坦建立起他们自己的独立汗国。1260年，察合台的一个孙子阿鲁忽轻易地废黜了拖雷系指定的察合台系首领、他的堂兄弟木八刺沙。此后，对阿富汗斯坦和东突厥斯坦抱有野心的察合台汗国几乎不间断地与伊朗的伊利汗国以及中国的大汗作战。

    窝阔台系对于1251年的事件更加怨恨，同样表示出了独立的姿态。窝阔台的孙子海都在他的家族中是第一个对帝国权力表示蔑视的。1256年，他逮捕了一个大汗派来的使者，并且拒绝将其送回宫廷。当时，蒙哥大概正专注于指挥即将爆发的攻宋战争，所以没有对反叛的宗王采取任何行动。后来，当继承权之争在忽必烈和阿里不哥间爆发的时候，海都尽其所能促使争端激化，希望能够使拖雷家族彻底崩溃。①作为窝阔台系一员，他自然认为大汗的位置是他家族的专有之物，而且他首次（在1269年）组织起一个中亚蒙古宗王的联盟，以对抗忽必烈及其继任人的统治，一直持续到14世纪初期。在被迫对海都进行长时间而且代价昂贵的战争的忽必烈看来，蒙哥没有在窝阔台系的维护者们最初显露出反叛的迹象时将其扑灭是不可理解的，也是不可原谅的大错。

    在术赤王国，也有麻烦在酝酿。拔都在1255年左右死去，他的两个短命的后